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中国农业科学院深圳基因组研究所程时锋团队招聘博士后

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  中国农业科学院深圳农业基因组所程时锋团队致力于利用组学信息大数据和比较进化生物学技术探讨前沿关键科学问题和致力于其在植物学、农业、天然医药类等方面的转化应用。程时锋团队重点关注植物比较进化基因组学和生物信息学,力图从整个植物生物多样性(Evolutionary Biodiversity)的角度通过基因组连接生命之树 (Connecting Genomics),以探讨在关键进化节点上的基因组进化与适应性的机制。先后参与了土豆、番茄、熊猫、白菜、胡萝卜、千种植物转录组1KP计划、万种植物基因组10KP启动等重要国际基因组联盟计划(Nature 2009, 2011, 2012; Nature Genetics 2010, 2016; Nature 2018, Gigascience 2018),并领导了中国小米基因组、醉蝶花基因组、珊瑚共生虫黄藻基因组、植物大尺度基因家族演化机制 (Nature Biotechnology 2012, Plant Cell 2013, Science 2015, Plant Journal 2016)。团队成员来自多个学科,包括基因组学与生物信息学、植物分子生物学、进化与群体遗传学等。近年来,团队在结瘤生物固氮的演化与遗传多样性(Science 2018),真核生命的起源与初次内共生中的HGT事件,祖先植物陆地化与多样性事件,深度同源与趋同进化在药用植物代谢通路起源与多样性的大组学研究(phylogenomics),以及植物生物多样性基因资源对改造重要经济作物的应用等方面进行了系统而深入的研究。

 

  目前团队正致力于开发的关键技术有:1.基于最新测序平台的复杂基因组组装与注释技术; 2.大规模比较进化基因组学技术开发; 3.重测序与比较群体基因组学技术;

  

  一、近期将在以下三个方向招收博士后

 

  (一)以复杂植物基因组为背景的关键生物信息技术和流程开发

 

  主要结合具体项目,有针对性地对最新测序平台(PacBio/Sequel,Nanopore, Illumina, 10X technology, HiC, Bionano等)基因组数据进行分析方法与技术方面的开发和优化,从而提出或发表领域里可以解决特定具体问题的软件和流程。内容涉及到关键组装技术、基因组注释流程优化与开发、转录组学分析技术、比较基因组学与比较系统发育方法学开发等。在以技术开发为方向外,还包括其技术与流程在具体项目中的应用和评估,如解决多倍体或超大型基因组拼接与分析问题、比较系统进化生物学问题等。此方向招收博士后1-2名,欢迎生物信息学专业、计算机或数学专业、以及计算基因组学专业的青年英才加入。

 

  (二)生物固氮演化

 

  主要包括结瘤生物固氮进化组学研究(Genome evolution and diversity of Root Nodule Symbiosis),植物宿主与共生固氮微生物互作协同进化等。本方向将深入探索Common Symbiotic Signaling Pathway中的关键基因及其调控因子的进化与表达谱研究。在这方面,针对结瘤固氮分支N-fixing clade四大科目(Fabales, Fagales, Cucurbitales, Rosales)的基因组进化与多样性研究,探究nodulation系统发生的频率与分布,以及为什么每个分支中只有部分物种能够形成根瘤固氮的分子机制与进化问题。最终目标是在弄清楚结瘤固氮整个遗传代谢通路相关因子的前提下,如何将其他non-legume重要作物进行工程化以导入共生固氮能力。比如葫芦目下面的8个科中,有两个科中有少数物种是保留着结瘤固氮能力的。如野麻科下面的北美假大麻(Datisca glomerata),剃刀草(Datisca cannabina);或如马桑科下面的欧马桑(Coriaria myrtifolia), 或新西兰毒空木(Coriaria ruscifolia)。葫芦目总计2600个种中,只发现有9个物种能够结瘤共生固氮。通过对这些物种及其近缘物种基因组和跨组学大数据分析,以此建立一个新的研究系统,发现其能够固氮或相关物种失去固氮的分子机制,再借助现代分子遗传、基因编辑与合成技术进行转化验证实验。本方向将与国外合作教授共同培养,计划招收博士后1-2名,欢迎对植物进化生物学,生物固氮大进化感兴趣的同学加入。

 

  (三)小麦比较群体基因组学

 

  小麦是重要的经济作物,也是高度复杂的基因组承载体(六倍体,17Gb基因组,高度重复等),其丰富的野外、祖先、以及栽培体系等多样性资源远未得到开发。本项目希望借助最新的基因组学测序技术和前沿的生物信息学分析技术,对小麦整个科(Phylogenomics)以及六倍体面包小麦整个群体进行全面的基因组数字化。通过重测序与群体分析,比较基因组学分析,充分挖掘小麦变异组多样性资源,为阐明小麦纵向(Triticum family)与横向进化(Population genomics)提供最全的图谱;并在生物信息大数据指导下为精准基因组编辑与代谢通路合成提供蓝图,为小麦遗传育种与“设计完美小麦计划”作出贡献。该项目是基因组所领导的国际联盟,将会与英国、澳大利亚、美国等诸多科学家一起紧密合作。该方向将与国外合作教授共同培养,招收博士后1-2名,欢迎有志于进行小麦基因组学大数据分析与应用的有志英才加入。

  

  二、招聘要求

 

  对植物科学和组学技术有纯粹的热爱,既有雄心壮志也能脚踏实地,认同团队“投入、勇气、创新和协作”的核心价值观(4C:Commitment, Courage, Creativeness, and Cooperation)。
 已获得或即将获得基因组学与生物信息学、进化生物学、分子生物学、生物化学、遗传育种或生物统计等相关专业的博士学位。也欢迎对生物学有强烈兴趣的数学、物理和计算机学科的博士。
 具有良好的沟通能力和中英文科技写作能力,能在一分钟内向非本专业者解释自己博士研究的主要发现和意义,并在国际学术刊物以第一作者发表过或即将发表SCI论文。

  

  三、应聘方式:

 

  热忱欢迎各路青年才俊加盟我们团队。英雄不问出身,我们只关注您的兴趣、素质和潜力。如果您准备好了,就请将您的个人简历(包含教育经历、研究经历、论文发表)、代表作和研究意向以电子邮件形式发送到:chengshifeng@caas.cn,邮件主题请注明应聘“博士后申请”,应聘材料请压缩成一个以您姓名命名的zip文件以附件发送。所有应聘材料我们会仔细分析并保密,一旦候选人确定后,将邀请您进行面试。我们将全力为您提供最佳的科研环境,让您充分发挥聪明才智、实现个人理想。除参照国家和中国农科院的博士后相关政策外,我们还积极帮助您申请广东省和深圳市的人才计划,工资和补贴总额约为24-35万元/年。博后期满,我们将择优推荐农科院“青年英才”或深圳市人才岗位。

  

  

  注:工作地点在深圳;

 

  程时锋团队代表性论文:

 

  1, Maximilian Griesmann, et al. Martin Parniske*, Pierre-Marc Delaux*, Shifeng Cheng*. Phylogenomics reveals multiple independent losses of the nitrogen-fixing root nodule symbiosis. 2018, May 24. Science. DOI: 10.1126/science.aat1743

  2, Shifeng Cheng, Michael Melkonian, Stephen A. Smith, Samuel Brockington, John M. Archibald, Pierre-Marc Delaux, Fay-wei Li, Barbara Melkonian, Evgeny V. Mavrodiev, Wenjing Sun, Yuan Fu, Huanming Yang, Douglas E. Soltis, Sean W. Graham, Pamela S. Soltis, Xin Liu, Xun Xu, Gane Ka-Shu Wong. 10KP: A Phylodiverse Genome Sequencing Plan. 2018. GigaScience, giy013, https://doi.org/10.1093/gigascience/giy013

  3, Shifeng Cheng, Bernard Gutmann, Xiao Zhong, Yongtao Ye, Mark F. Fisher, Fengqi Bai, Ian Castleden, Yue Song, Bo Song, Xin Liu, Xun Xu, Boon Leong Lim, Charles S. Bond, Siu-Ming Yiu, Ian Small. Redefining the structural motifs that determine RNA binding and RNA editing by pentatricopeptide repeat proteins in land plants.  The Plant Journal, (2016), doi: 10.1111/tpj.13121.

  4, Senjie Lin, † Shifeng Cheng, † Bo Song, † Xiao Zhong, † Xin Lin, † Wujiao Li, Ling Li, Yaqun Zhang, Huan Zhang, Zhiliang Ji, Meichun Cai, Yunyun Zhuang, ‡ Xinguo Shi, Lingxiao Lin, Lu Wang, Zhaobao Wang, Xin Liu, Sheng Yu, Peng Zeng, Han Hao, Quan Zou, Chengxuan Chen, Yanjun Li, Ying Wang, Chunyan Xu, Shanshan Meng, Xun Xu, Jun Wang, Huanming Yang, David A. Campbell, Nancy R. Sturm, Steve Dagenais-Bellefeuille, David Morse: The Symbiodinium kawagutii genome illuminates dinoflagellate gene expression and coral symbiosis. Science 11/2015; 350(6261):691-694. DOI:10.1126/science.aad0408

  5, Shifeng Cheng, Erik van den Bergh, Peng Zeng, Xiao Zhong, Jiajia Xu, Xin Liu, Johannes Hofberger, Suzanne de Bruijn, Amey S Bhide, Canan Kuelahoglu, Chao Bian, Jing Chen, Guangyi Fan, Kerstin Kaufmann, Jocelyn C Hall, Annette Becker, Andrea Bräutigam, Andreas P M Weber, Chengcheng Shi, Zhijun Zheng, Wujiao Li, Mingju Lv, Yimin Tao, Junyi Wang, Hongfeng Zou, Zhiwu Quan, Julian M Hibberd, Gengyun Zhang, Xin-Guang Zhu, Xun Xu, M Eric Schranz: The Tarenaya hassleriana Genome Provides Insight into Reproductive Trait and Genome Evolution of Crucifers. The Plant Cell 08/2013; 25(8). DOI:10.1105/tpc.113.113480

  6, Gengyun Zhang†, Xin Liu†, Zhiwu Quan†, Shifeng Cheng†, Xun Xu†, Shengkai Pan†, Min Xie, Peng Zeng, Zhen Yue, Wenliang Wang, Ye Tao, et. al, Jian Wang: Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential. Nat Biotechnol. Nature Biotechnology 05/2012; 30(6):549-54. DOI:10.1038/nbt.2195

  7, The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution. The Tomato Genome Consortium. Nature 05/2012; 485(7400). DOI:10.1038/nature11119

  8, The genome of the mesopolyploid crop species Brassica rapa. The Chinese Brassica rapa consortium. Nature Genetics 08/2011; 43(10):1035-9. DOI:10.1038/ng.919

  9, Genome sequence and analysis of tuber crop potato. The International Potato Consortium. Nature 07/2011; 475(7355):189-95. DOI:10.1038/nature10158

  10, A high-quality carrot genome assembly reveals new insights into carotenoid accumulation and Asterid genome evolution. The Carrot Genome Consortium. Nature Genetics. 2016 Jun;48(6):657-66. doi: 10.1038/ng.3565. Epub 2016 May 9.  

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