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北京畜牧兽医研究所中心实验室第一届生物信息学培训班通知

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  为促进科研人员对宏基因组测序技术的了解和学习,推动宏基因组学在各学科领域应用及发展,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所中心实验室拟于 2018 年 4 月 23 日-4月 27 日召开第一届生物信息学培训班。本次培训班由中心实验室基因组学平台和家畜营养与调控创新团队反刍动物营养研究室联合举办,特邀请美国俄亥俄州立大学食品、农业和环境科学学院Yu Zhongtang教授和王玲玲助理研究员(简历见附件 1)专程授课,对学员进行理论、操作、数据分析等培训。

 

  培训目的:

 

  本培训班向参会学员介绍基本概念、实际操作、数据分析等内容。采取专家授课,理论课与实践课相结合,讲师与学员研讨的方式进行,提供充足的实际操作机会,让每个参加研讨会人员学有所成。

 

  培训对象:

 

  从事生命科学、农学等领域的科研工作者、高校教师及研究生;从事宏基因组学分析的技术人员。

 

  培训内容:

 

  Day 1上:基本概念

  A. 微生物组学和微生物生态学基本概念;

  B. 细菌和古生菌的分类学;

  C. 瘤胃和动物肠道内常见的微生物菌群;

  D. 胃肠道微生物研究中经常遇到的问题;

  E. 微生物分析试验设计涉及的相关重要事项。

  Day 1下:Linux系统概论-实验室讲座和实操

  A. 虚拟机安装到Windows;B. 安装Linux;C. 安装QIIME;

  

  Day 2上:宏基因组1 -系统宏基因组-讲座

  A. 用于肠道微生物标记基因宏基因组分析;

  B. 样本收集和保存;

  C. 宏基因组DNA提取;

  D. 扩增子库的制备。

  Day 2下: DNA提取和文库扩增—实验室实操

  A. 从选择的样本中提取DNA (2人/组);

  B. 扩增子库的制备。

  

  Day 3上:宏基因组1 –系统宏基因组-讲座

  A. MiSeq测序数据的生物信息学分析流程 (QIIME);

  B. 预处理和质量控制;

  C. 操作分类单位选择和代表序列的选择;

  D. 代表性OTU序列分类。

  Day3下: 扩增文库的质量检查和建立一个MiSeq运行-实验室实操

  A. 扩增文库的质量检查

  B. 演示MiSeq操作(由Illunima专家演示)。

  

  Day 4上:宏基因组1 -系统宏基因组-讲座

  A. α多样性;

  B. β多样性和测量;

  C. 在线NGS分析服务器介绍;

  D. 多元统计分析。

  Day 4下:QIIME -实验室实操

  A. QIIME分析流程介绍;

  B. QIIME分析流程解释与示范;

  C. 微生物组数据的多变量分析。

  

  Day 5上:宏基因组2 -功能宏基因组-讲座

  A. 系统宏基因组vs. 功能宏基因组;

  B. 依据菌群16S数据进行代谢功能预测-PICRUSt;

  C. 宏基因组鸟枪测序,短序列组装,基因预测,基因注释;

  D. 染色体组重建;

  E. 代谢网络重构。

  Day 5下:宏基因组2 -功能宏基因组-PICRUSt示范

  

  培训特色:

 

  特色一:整体引进美国俄亥俄州立大学最前沿技术作为培训教程;

  特色二:理论和实践相结合,保证学员有充足实操实践;

  特色三:授课内容丰富,涵盖了宏基因组学分析的各个步骤和环节。

 

  培训费:

 

  每人 4000 元,学生 3500 元(包含培训资料费、培训期间的午、晚餐费用),住宿及来往车票自理。

 

  培训费交付方式:

 

  请参会人员提前培训班联系人,本所与会人员可以支票、现金或现场刷卡的形式提交,非我所与会人员可提前汇款或准备现金现场提交。

 

  报名方式:

 

  请将报名回执(附件 2)发送到 liming_52@163.com 邮箱,本次培训班学员人数限制在 30 位,根据报名先后顺序确定学员。

 

  优惠项目:

 

  本次参加培训班的学员,今后在牧医所中心实验室进行基因组学相关分析,数据分析费给予6折优惠;学员还可以在培训期间携带样品和试剂免费进行数据采集和分析!

  签到时间:2018 年 4 月 22 日全天、23 日7:00-8:30 am(请务必领取培训材料!)

  培训时间:2018 年 4 月 23 日-4 月 27 日(8:30-11:30 am、2:00-5:00 pm)

  培训地点:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所牧医1号楼3层会议室

 

  友情提示:

 

  本次培训包含微生物宏基因组测序原理、操作及后续数据分析,请学员自带笔记本电脑。

 

  联 系 人:李明 卢凌 饶正华

  联系电话:010-62816076、15801609856、18515281695

  电子邮件:liming_52@163.com

  

  重要提醒:为避免统计遗漏,请已经在第一轮通知后,回复的人员,再回复一次,谢谢您的配合。

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