根据国家自然科学基金委刚刚发布的项目资助情况统计，2011年中国农业科学院上海兽医研究所共申报国家自然科学基金34项，其中面上项目22项、青年基金12项，最终5项面上项目和3项青年科学基金项目获资助，获助率达到23.35%。
    近年来，上海兽医所不断加强国家自然科学基金项目申报的组织，一方面加强对学术骨干的绩效考核，另一方面继续充分发挥学术委员会的指导作用，效果显著。2006年获资助项目2项，2007年获资助项目3项，2008年获资助项目3项，2009年获资助项目6项，2010年获资助项目6项，2011年获得8项，项目数逐年稳步增加，保持了良好的势头。