2012年中央一号文件突出加快推进农业科技创新主题，明确了农业科技发展的战略定位，在创新方向、创新机制、创新条件、创新人才等方面推出了一系列针对性强的重大政策措施，在我国农业科技发展史上具有划时代意义。农业科技进步在我国农业农村发展的各个历史阶段，都发挥了重要作用，尤其是为粮食连续八年增产发挥了决定性作用。
    特别是，文件对农业科技创新提出了更高要求，“着眼长远发展，超前部署农业前沿技术和基础研究，力争在世界农业科技前沿领域占有重要位置”，这就要求农业科研人员要有大局意识、长远意识，立大志、立长志，立足国内、放眼世界；“面向产业需求，着力突破农业重大关键技术和共性技术，切实解决科技与经济脱节问题”，科技创新要注重实用性，科研成果的价值体现就是服务于社会生产力的提高和居民生活水平的改善。
    推进农业科技创新必须以科学发展观为指导，以产业需求为导向，理清为谁创新、创新什么的方向性问题。勿容置疑,我国农业科技取得举世瞩目的巨大成就。但同时也必须认识到，农业科技发展存在创新方向不够明确，尤其是与产业需求、农民需要相互脱节的问题。中央一号文件中明确提出了农业科技创新方向必须坚持“两个原则”、“三个效率”、“二十四字要求”。一是要坚持“着眼长远发展，面向产业需求”的原则。既顺应当今世界农业科技发展趋势，也符合我国农业生产发展需求，体现了“顶天立地”的发展思路。一方面紧紧把握国际农业前沿科技领域，着力以生物技术、信息技术等高新技术引领现代农业产业发展，另一方面强调农业科技必须紧紧与生产实际结合，从解决农业发展的最急需、最紧迫的重大技术需求出发，做到“把论文写在大地上，成果留在农民家”。二是基于我国人多地少、资源紧缺的基本国情，文件中明确提出要“把提高土地产出率、资源利用率和劳动生产率作为农业科技的主要目标”，这就要求农业科技创新必须下大力气重点研究基于提高土地生产率的集约持续高产技术，基于提高资源利用率的节地节水、节能省肥技术，基于提高劳动生产率的省工化、机械化、精准化技术。三是文件中首次总结提出了“增产增效并重、良种良法配套、农机农艺结合、生产生态协调”是对现代农业产业技术特征的高度凝练，是第一次全面系统地提出我国农业科技的创新路线，对指导农业科技协同创新、加快学科交叉和技术集成具有重要意义。
    一号文件就农业环境污染防治和生态保护方面也提出了具体创新方向和工作重点，比如“推进农业清洁生产”、“加强面源污染治理”、“农田生态环境保护”、“发展循环农业”等，为生态室开展研究工作，服务于科技创新和农业环境保护指明了方向，突出工作重点。
    文件强调“推进农业清洁生产，引导农民合理使用化肥农药，加强农村沼气工程和小水电代燃料生态保护工程建设，加快农业面源污染治理和农村污水、垃圾处理，改善农村人居环境”。文件直指农业环境防治的关键领域及重要环节，具有很强的指导意义。 
    现阶段我国农业生产表现出“高投入、高产出、低效益”，化肥、农药施用强度已经大大超出了环境可承载能力。2010年，全国平均化肥施用强度高达346千克/公顷，是一些发达国家所设置的化肥施用安全上限的1.54倍，化肥的过量使用已造成了耕地板结，农业可持续发展面临较大挑战；我国农药施用强度大，高毒农药比重高，农产品农药残留问题严重，影响消费者身体健康以及农产品的出口创汇；农用薄膜已造成了严重的白色污染和耕地生产力退化。同时，作物秸秆、畜禽粪便等废弃物因处理不善也已对大气、水体、土壤造成了污染。
    我国农村地区每年产生的7亿多吨秸秆、30多亿吨畜禽粪便、2.8亿多吨生活垃圾、90多亿吨生活污水，绝大部分未能得到合理处置和合理利用。根据第一次全国污染普查公报，2007年全国农业源的化学需氧量（COD）排放达到1320万吨，占全国排放总量的43.7%，农业源总氮、总磷分别为270万吨和28万吨。农业部进行了典型调查与定位监测，测算2010年农业源COD排放量增加到1760万吨，总氮、总磷分别增加到285万吨和32万吨。全国农业面源污染仍呈加剧趋势。
    农业面源污染问题日益严重，已经严重影响了农产品品质提升、农业可持续发展及居民日常生活。面源污染具有分散性、隐蔽性、不确定性、差异性等特点，不易监测和量化，从根本上解决农业面源污染问题，确保我国农业健康、稳定的发展，必须创新理念和思路，把污染问题解决在生产生活单元内部，把农业环境保护寓于粮食增产、农业增效、农民增收之中。通过资源节约和循环利用的方式，推广应用节水、节肥、节药和生态健康养殖等农业清洁生产和农村废弃物资源化利用技术，提高化肥、农药等农业投入品利用率，降低流失率，减少外部投入品使用量，减少污染物排放量。生产过程中采用先进农业技术，避免或降低投入物污染环境及农产品，同时科学处理废弃物，增强循环利用能力。
    今后，生态室将围绕农业面源污染防治、农业清洁生产，发展循环农业以及农田生态环境治理等领域开展技术创新、集成与示范研究工作。
    一是研究指导全国农业面源污染防治与监测工作。从源头预防、过程控制和末端治理等环节入手，以畜禽养殖污染防治、节肥节药技术推广应用、农业废弃物资源化利用为重点，集成配套推广节水、节肥、节能等实用技术，建设农田氮磷生态拦截工程，因地制宜建设秸秆、粪便、生活垃圾、污水等有机废弃物处理利用设施。建立农业面源污染长期定位监测制度，研究制定农业面源污染的统计指标体系、监测体系、考核体系。
    二是研究与推进农业清洁生产技术集成、示范与应用。以废旧地膜回收利用、畜禽清洁养殖、秸秆资源利用、蔬菜残体资源化利用等为重点，推动农业清洁生产技术集成、示范与应用。同时，研究制定农业清洁生产的相关政策法规，提出农业清洁生产的标准和技术规范。
    三是总结提炼循环农业模式。按照“减量化、资源化、再利用”要求，以产业链延伸为主线，节约农业资源，推动单程式农业增长模式向“资源—产品—再生资源”循环的综合模式转变，总结提炼一批可推广的循环农业模式，努力探索出经济效益、生态效益、社会效益均较高的农业废弃物新型利用途径和技术体系，为创造农业经济新的增长点提供理论与方法支撑。
    四是研究农田生态环境治理与保护技术体系。研究与推广烟田测土配方施肥技术，实施保护性耕作，鼓励农民使用有机肥，科学施用化肥，提高肥料利用率，建立多元化、社会化病虫害防治专业服务组织，实行统防统治，大力推广物理防治、生物防治技术，提高综合防治水平。研究推广水肥一体化技术，提高水肥利用率。
    同时注重科研成果的实用性，避免科研成果与经济生活相脱节的现象。在项目实施前认真做好市场调研工作，做好可行性分析，确保科研成果的实用性，将人力、物力资源最大化转为科研成果，最大化服务于生产力的提高。通过技术整合与创新提高技术体系的可操作性及综合效益，为我国顺利推进农业环境污染提供技术支持和政策建议。