针对部分地区“北菜南运”棚室番茄定植期茎基腐病发病率高的问题，科研单位协作攻关，使用农业废弃物腐烂青储秸秆和功能重塑菌剂改良土壤，不仅让番茄茎基腐病发病率大幅降低，还开创了秸秆利用的新途径。

番茄是黑龙江“北菜南运”的重要品种。菜农遵循以夏秋番茄生产为主、早春抢早香瓜生产为辅的大棚轮作模式，随着固定模式种植年限的增加，再加上抢占农时，大棚无中间休闲期、无高温闷棚处理时间。部分地区棚室番茄在6月中下旬定植期茎基腐病发病率在10%以上，并呈现逐年上升趋势，定植的番茄“死棵”问题严重，给菜农带来损失。

国家大宗蔬菜产业技术体系哈尔滨综合试验站联合中国农业科学院农业资源与农业区划研究所、黑龙江省农业科学院园艺分院、哈尔滨市双城区农业技术推广中心协作攻关，经过前期多次调研，土样采集分析，结合黑龙江省秸秆资源丰富的实际，以农业废弃物腐烂青储玉米秸秆直接还田，并添加功能重塑菌剂。与常规栽培相比，番茄茎基腐病发病率从12.50%降低到4.72%，亩减少“死棵”200株左右，亩增产371斤。哈尔滨市双城区长产村有千亩以上的番茄“北菜南运”大棚生产基地。当地菜农李敏丽使用这项新技术后，每亩增收700元左右，而且番茄品质好，采购商愿意收购。“明年要把这项技术在更多的设施蔬菜基地推广，让黑土地产出的优质番茄走进千家万户。”黑龙江省农业科学院园艺分院副研究员王娟说。